本會以協助自閉症者，經由醫療、教育、復健、職訓、就業、安養等相關權益及福利，得以增進其人際關係，具備社會化生活能力為宗旨。
中華民國自閉症總會是以服務全國自閉症家庭為主的人民團體，會員包括全國各地之自閉症者（以心智障礙為輔）的家長團體、協會和基金會所組成的聯合總會。 本會於民國八十五年元月二十日舉行成立大會，同年二月二十六日獲內政部頒發立案證書，正式成立『社團法人中華民國自閉症總會』。
總會的任務：
1.請政府頒訂具體之法令條文，加速推動自閉症者之醫療、教育、職訓、就業、就養...等相關權益及福利事宜。
2.藉由傳播媒體之宣導，喚起社會大眾，認識自閉症；提供諮詢服務，使相關人員能早期發現、早期療育，並給予接纳、關懷、輔導及資助。
3.擔任與各基本會員及服務自閉症機構、政府單位之溝通協調角色，並辦理國內外自閉症相關機構之交流聯繫與合作事宜。
4.發行有關自閉症之書籍、雜誌或刊物。
5.辦理自閉症者之訓練活動課程及服務事項。
6.辦理從事自閉症相關工作人員之專業訓練及進修。
7.提供相關資料協助及促進醫療機構研究分析自閉症之成因、預防之道，並能給予早期診斷，及時進入療育體系。
8.配合相關法令，整合各項資源，使自閉症者能獲得最妥善的服務。
9.其它符合本會宗旨之相關事項。
